Opinię ornitologiczną wykonuje się, aby chronić ptaki, na które może mieć wpływ dana inwestycja (remont budynku, termoizolacja, przebudowa, rozbudowa, nadbudowa, rozbiórka). Opinia pozwala inwestorowi a przede wszystkim wykonawcy na takie planowanie prac na budynku w przypadku termomodernizacji czy na placu budowy w przypadku budowy nowego obiektu, żeby nie przyniosły ptakom szkody, planowanie to musi być zgodne z aktualnie obowiązującym prawem chroniącym ptaki. Opinia ornitologa ma na celu sprawdzenie jakie gatunki i ilości ptaków występują na danym terenie oraz jakie czynności kompensacyjne należy podjąć w sytuacji zniszczenia gniazd, lęgów, czy siedlisk ptasich.
Obowiązek przygotowania Inwentaryzacji przyrodniczej w zakresie występowania ptaków gatunków chronionych (ekspertyza ornitologiczna) lub nietoperzy w celu uniknięcia nieumyślnego zniszczenia ich siedlisk podczas prac remontowych, wynika z następujących przepisów: W myśl załącznika nr 1 do rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt Dz.U z 2016 r. poz.2183, większość ptaków zamieszkujących tereny miejskie objętych jest ochroną gatunkową, w stosunku do których obowiązuje, m.in. zakaz niszczenia ich gniazd, siedlisk i ostoi, umyślnego zabijania, okaleczania lub chwytania, a także płoszenia i niepokojenia zgodnie z art. 52 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 roku o ochronie przyrody. Ponadto zgodnie z art. 131 pkt. 14 ww. ustawy „kto umyślnie narusza zakazy w stosunku do zwierząt objętych ochrona gatunkową podlega karze aresztu albo grzywny. Zgodnie z art. 75 ust. 1 ustawy z dnia 27 kwietnia 2001 roku prawo ochrony środowiska. W trakcie prac budowlanych inwestor realizujący przedsięwzięcie jest obowiązany uwzględnić ochronę środowiska na obszarze prowadzenia prac (…)”.
W przypadku, gdy organ nadzoru budowlanego stwierdzi, że roboty budowlane są prowadzone w sposób zagrażający ptakom i/lub nietoperzom, zgodnie z art. 50 ust. 1 pkt. 2 ustawy z dnia 7 lipca 1994 roku prawo budowlane, nakazuje podjęcie interwencji, a nawet wstrzymanie robót budowlanych odrębnym postanowieniem, ponieważ jest to równoznaczne z prowadzeniem robót budowlanych w sposób mogący spowodować zagrożenia środowiska. Zgodnie z art. 5 pkt. 18 ustawy o ochronie przyrody, przez siedlisko roślin, zwierząt lub grzybów należy rozumieć obszar występowania roślin, zwierząt lub grzybów w ciągu całego życia lub dowolnego stadium ich rozwoju. Miejsca lęgowe ptaków chronionych, zlokalizowane na budynkach mieszkalnych należy więc traktować jako ich siedliska, podlegające ochronie prawnej. Jednocześnie informuję, iż w uzyskanie opinii ornitologicznej powinno nastąpić zanim Inwestor przystąpi się do prowadzenia prac budowlanych, remontowych czy termomodernizacyjnych. Ważne jest, aby uwzględnić okresy lęgowe ptaków oraz czas ich wędrówki. Należy pamiętać, że opinia ornitologiczna powinna być wykonana w kilku okresach w roku, najlepiej na rok przed rozpoczęciem prac.
Jeżeli inwentaryzacja ornitologiczna wykonywana jest poza okresem lęgowym i ornitolog nie stwierdzi występowania danego gatunku ptaków, należy sprawdzić, czy nie pojawią się one na terenie budowy w okresie lęgowym. Natomiast opinia chiropterologiczna to dokument mający na celu ochronę gatunkową nietoperzy. Stworzenia te są co raz bardziej zagrożone wyginięciem. Opinię sporządza ekspert chiropterolog, Sporządza się ją tak samo jak opinię ornitologiczną przed rozpoczęciem prac termomodernizacyjnych budynku. Co roku należy ją aktualizować, ponieważ mogą pojawić się gatunki nietoperzy, których dotychczas nie stwierdzono.